Nguồn gốc của giáo xứ gắn liền với tinh thần truyền giáo nhiệt thành của Đức cha Phanxicô Xaviê Trần Thanh Khâm (1902 đến 1976). Năm 1960, khi khu vực này còn thưa thớt cư dân, nhiều gia đình Công giáo từ các nơi đến lập nghiệp nhưng chưa có nơi sinh hoạt tôn giáo ổn định. Đức cha đã mua một mảnh đất và dựng nên Nhà nguyện Bình Xuyên, để giáo dân có nơi quy tụ tham dự Thánh lễ Chúa nhật và các ngày lễ trọng.
Một năm sau, các nữ tu Hội dòng Mến Thánh Giá Chợ...