Năm 1630, một số giáo dân đến vùng đất Bến Gỗ – Thủy Chân Lạp sinh sống và hình thành nên các họ đạo. Năm 1692, Đức Cha Francois Perez quy tụ các họ đạo này và lập nên Giáo xứ Bến Gỗ thuộc Giáo phận Đàng Trong và nhận danh Thánh Đức Mẹ Vô Nhiễm làm bổn mạng. Thời gian đầu, Giáo xứ Bến Gỗ dựng một nhà thờ tạm để làm nơi dâng lễ và cầu nguyện. Năm 1844, Giáo phận Đàng Trong được tách thành hai Giáo phận: Giáo phận Tây Đàng Trong và Giáo phận Đông Đàng...