Năm 1891, Cha Giuse Thiên đến coi sóc giáo xứ cho đến năm 1895. Tiếp theo là các Cha: Cha Gioan B. Thới (1895-1897), Cha Blondet (1897-1899), Cha Phaolô Trần Công Sanh (1899-1941).
Trong khoảng thời gian Cha Phaolô Trần Công Sanh coi sóc, năm 1906, bằng tiền của đóng góp của giáo dân, Cha đã cho khởi công xây dựng Nhà thờ mới thay cho Nhà thờ cũ bằng cây lá đã xuống cấp. Đến năm 1914, Đức Cha giáo phận (không rõ tên) từ Nam Vang về thánh hiến Nhà thờ mới.
Năm 1942, Cha Phêrô Nguyễn Tấn Đức về nhận nhiệm vụ chánh xứ. Đầu năm 1945, chiến tranh Việt - Pháp bùng nổ, giáo dân phải di tản sang Long Xuyên và tạm trú trong các xóm đạo thuộc Giáo xứ Long Xuyên.
Cuối năm 1949, chiến tranh vãn hồi, Cha sở Phêrô Đức kêu gọi giáo dân hồi hương. Lúc ấy Nhà thờ Cái Đôi chỉ là một ngôi nhà trống rỗng. Cửa lớn nhỏ, lầu hát, gạch đều bị gỡ lấy, và ảnh tượng đều bị đập nát hết. Trước cảnh tượng ấy, Cha sở Đức liền kêu gọi giáo dân đóng góp để trùng tu lại Nhà thờ (1949), đặt lại ảnh tượng mới, xây dựng hang đá Lộ Đức làm nơi kính viếng Đức Mẹ Maria. Sau 3 năm, mọi việc đã hoàn tất và tồn tại cho đến ngày nay.
Trước đây Nhà thờ Cái Đôi được làm bằng cây lá, không biết từ khi nào, chỉ biết từ năm 1891 về sau.
Đến năm 1906 Nhà thờ Cái Đôi được khởi công xây dựng bằng gạch ngói thay cho nhà thờ bằng cây lá đã xuống cấp, do cha Phaolô Trần Công Sanh. Đến năm 1914, Đức Cha giáo phận (không rõ tên) từ Nam Vang về thánh hiến Nhà thờ mới.
Cuối năm 1949, nhà thờ Cái Đôi bị hư hại trầm trọng vì chiến tranh, Cha sở Phêrô Đức liền kêu gọi giáo dân đóng góp để trùng tu lại Nhà thờ, đặt lại ảnh tượng mới, xây dựng hang đá Lộ Đức làm nơi kính viếng Đức Mẹ Maria. Sau 3 năm, mọi việc đã hoàn tất.
Đến năm 2019, ngôi Thánh đường lại xuống cấp, Cha Phaolô Nguyễn Thế Hiển khởi công trùng tu lần thứ hai và Cha Vincente Bùi Tuấn Hiếu về tiếp tục công việc trùng tu ngôi Thánh đường.
Bài: Sưu tầm & Biên tập