Nguồn gốc của giáo xứ gắn liền với tinh thần truyền giáo nhiệt thành của Đức cha Phanxicô Xaviê Trần Thanh Khâm (1902 đến 1976). Năm 1960, khi khu vực này còn thưa thớt cư dân, nhiều gia đình Công giáo từ các nơi đến lập nghiệp nhưng chưa có nơi sinh hoạt tôn giáo ổn định. Đức cha đã mua một mảnh đất và dựng nên Nhà nguyện Bình Xuyên, để giáo dân có nơi quy tụ tham dự Thánh lễ Chúa nhật và các ngày lễ trọng.
Một năm sau, các nữ tu Hội dòng Mến Thánh Giá Chợ Quán đến phục vụ mục vụ, góp phần nâng đỡ đời sống đức tin cho cộng đoàn còn non trẻ.

Ngày 25 tháng 7 năm 1964, Đức Tổng Giám mục Phaolô Nguyễn Văn Bình, Tổng Giám mục Tổng giáo phận Sài Gòn, chính thức bổ nhiệm linh mục Giuse Đỗ Đức Hạnh làm chánh xứ tiên khởi. Từ đó, Bình Xuyên trở thành một giáo xứ chính thức với thánh hiệu Đức Maria Vô Nhiễm Nguyên Tội làm bổn mạng. Cũng trong năm này, ngôi nhà thờ đầu tiên của giáo xứ được xây dựng, tuy nhỏ bé nhưng là trung tâm đời sống đức tin của cộng đoàn.
Trải qua nhiều năm phục vụ và phát triển, đến ngày 14 tháng 11 năm 1995, linh mục Giuse Maria Trần Chí Nguyện được bổ nhiệm làm chánh xứ. Khi đó, nhà thờ cũ đã xuống cấp nghiêm trọng và thường xuyên bị ngập lụt. Vì thế, cha xứ cùng toàn thể giáo dân quyết định xây dựng lại thánh đường mới.
Ngày 13 tháng 5 năm 1997, Đức cha Lu-y Phạm Văn Nẫm, Giám mục phụ tá Tổng giáo phận Sài Gòn, đã chủ sự nghi thức đặt viên đá đầu tiên khởi công xây dựng nhà thờ. Sau gần một năm thi công, ngày 01 tháng 5 năm 1998, Đức cha Lu-y đã làm phép và khánh thành ngôi thánh đường mới như ngày nay.
Sưu tầm & biên soạn